La participation aux élections professionnelles et le fait de siéger au comité d’entreprise a longtemps agité le mouvement anarchiste. Il est à l’origine, comme la question des permanents syndicaux, de nombreuses prises de positions antagonistes, de débats violents et de scissions au sein même de la Confédération Nationale du Travail, se voulant l’héritière de la CGT-SR.